農(nóng)藥施用后，一部分殘留于枝葉及果實表面，一部分滲透到果樹角質(zhì)層或組織內(nèi)部造成不同程度的藥害。急性藥害可使葉片、果實出現(xiàn)斑點、黃化、失綠、枯萎、卷葉、落葉、落果、縮節(jié)簇生等;慢性藥害可使果樹光合作用減弱、花芽形成延遲、果實成熟延遲，味道、色澤惡化，甚至導(dǎo)致果樹死亡等。
農(nóng)藥對土壤的影響果樹施藥后部分農(nóng)藥直接進入土壤，被土壤顆粒吸附；大氣中的殘留農(nóng)藥和果樹上的農(nóng)藥經(jīng)雨水淋洗落入土壤中直接或間接地與土壤微生物接觸，殺滅土壤微生物，從而影響土壤的腐熟和透氣性，破壞土壤團粒結(jié)構(gòu)，降低土壤肥力，影響果樹生長發(fā)育。
農(nóng)藥對水與大氣的影響
噴灑的農(nóng)藥一部分殘存在枯枝落葉或土壤中，通過降水沖刷或灌溉進入溝渠、池塘、湖泊、江河中污染水域，影響水生生物的生長發(fā)育。同時噴灑農(nóng)藥時農(nóng)藥顆粒隨風(fēng)移動污染空氣。
農(nóng)藥對果園昆蟲的影響
農(nóng)藥在殺滅害蟲的同時也將天敵殺死，破壞了生物鏈及果園生態(tài)平衡，同時使害蟲產(chǎn)生抗藥性，導(dǎo)致害蟲種群數(shù)量急劇上升。有些次要害蟲由于天敵數(shù)量的急劇減少，很快發(fā)展成為主要害蟲。另外，大部分農(nóng)藥對蜜蜂具有殺傷作用。
農(nóng)藥對人畜的影響一方面，農(nóng)藥在施用過程中可以通過呼吸道、皮膚、消化道直接進入人畜體內(nèi)造成直接危害；另一方面，在果品、土壤、水中的農(nóng)藥殘留通過飲食或食物鏈進入人畜體內(nèi)，造成間接危害。